Antywirus Proxy działa w ten sposób, że skaner otrzymuje plik wstępnie przygotowany do analizy (zdekompresowany). Dzięki temu ma on wgląd do całości skanowanego obiektu. Zaletą tego podejścia jest możliwość skanowania plików spakowanych wieloprzebiegowo (RAR, bz2).Możliwości odkodowania tych ostatnich nie oferują tzw. skanery strumieniowe ze względu na możliwość obejrzenia każdego przesyłanego bajtu tylko jednokrotnie. Inną zaletą skanowania z Application Proxy jest możliwość generowania czytelnych komunikatów powiadomień. Ostrzegają one lub informują użytkowników sieci o niebezpiecznych zdarzeniach.
Antywirus Proxy ta jest dostępny w urządzeniach FortiGate. Ponadto rozwiązania te wykorzystują dedykowany język skryptowy oraz lokalny sandbox. Dzięki temu umożliwiają analizę kodów polimorficznych (każdego dnia na całym świecie powstają tysiące modyfikacji złośliwego oprogramowania).
